A exposição Campo fora de Vila: de espaço livre a espaço de liberdade, realizada em 2011, colocou em evidência alguns vestígios de época medieval e moderna encontrados nas escavações arqueológicas decorridas no Largo Cândido dos Reis em 2004 e 2005.

Integrada na comemoração da Noite dos Museus e Dia Internacional dos Museus em 2011, a iniciativa Memórias d(n)a Rua pretendeu abordar a temática da identidade comunal e as relações entre espaço e comunidade.
          

A exposição Aqua Mater, produzida no âmbito do Dia Internacional dos Monumentos e Sítios em 2011, pretendeu abordar a multiplicidade de relações, de encontros e desencontros, entre Santarém e o líquido da vida.

A mostra Doces e Amargos de Boca, realizada no âmbito das Jornadas Europeias do Património de 2009,  pretendeu ilustrar algumas temáticas relacionadas com o uso dos doces na alimentação do Antigo Regime...

Santarém e o Magreb: Encontro Secular (970-1578), uma exposição inaugurada em 2004, que serviu de pretexto para abordar a relação entre o mundo islâmico e o cristão...

A exposição de Scallabis a Santarém, realizada em 2002, na Igreja da Graça, apresentou pela primeira vez ao público o resultado dos trabalhos arqueológicos que decorreram na Alcáçova...

A importância de João Afonso de Santarém e a assistência hospitalar escalabitana durante o Antigo Regime, foi o tema de uma exposição no Núcleo Museológico de Arte e Arqueologia - S. João de Alporão...                     

A exposição S. Frei Gil de Santarém inaugurou no Núcleo de Exposições Temporárias de Arte e Arqueologia Medievais em 1997.

Esta foi a exposição que deu a conhecer ao público o primeiro núcleo do mais antigo Museu do Distrito de Santarém, instalado na Igreja de S. João de Alporão, classificada como monumento nacional desde 1910.