O Plano de Actividades do MMS é elaborado com base nas seguintes funções museológicas 

i. Estudo e Investigação 

• Projectos de Investigação
• Cooperações com universidades, empresas de arqueologia, especialistas, etc

ii. Incorporação

• Enriquecimento dos acervos de bens culturais

iii. Inventário e documentação 

• Migrações de dados
• Procedimentos de inventariação
• Preenchimento e/ou informatização de fichas de inventário

iv. Conservação 

• Planos de controlo ambiental e biológico 
• Planos luminotécnicos
• Acessibilidades, incluindo de pessoas portadoras de deficiência
• Estratégias de minimização da acção dos agentes de degradação
• Criação de condições de estabilidade físico-química
• Avaliação de riscos 
• Acções de conservação e restauro

v. Segurança e exposição

• Meios (mecânicos, físicos e electrónicos) de prevenção, protecção física, vigilância, detecção e alarme
• Exposições temporárias

vi. Educação

• Programas de mediação cultural
• Actividades educativas
• Estratégias de captação de públicos

Ver Plano de Actividades 2011