O sector de vigilância e guardaria coordena a gestão e zela pela conservação preventiva dos monumentos classificados, do património edificado municipal e dos imóveis afectos à Administração Central, mas entregues à Autarquia através de protocolo, fazendo respeitar as normas previstas nos respectivos Regulamentos.

Tem a seu cargo o acolhimento e o apoio ao público, quer na organização dos percursos de visita, quer na disponibilização de algumas informações sobre o acervo, as exposições e os produtos que se encontram à venda nas lojas.

Efectua também o controlo estatístico dos visitantes e das vendas, verifica o estado quer do acervo em exposição, quer dos equipamentos museográficos e colabora directamente com o sector educativo na implementação das actividades educativas e culturais do museu.

Desde 2001, procurou incrementar-se, através de parcerias institucionais com a sociedade civil (Santa Casa da Misericórdia, Diocese, Juntas de Freguesia), a conjugação de esforços para assegurar a abertura ao público de alguns monumentos da cidade (Igreja do Milagre, Igreja de Nª Srª do Monte, Igreja da Misericórdia, Igreja do Convento do Sítio, Igreja de Santa Cruz e Santa Iria da Ribeira).

Idênticas formas de parceria foram implementadas na Igreja de Santa Maria de Almoster, cuja guardaria foi contratualizada com base nos mesmos critérios de qualidade de serviço, divulgação do património e recepção de visitantes.

Actualmente este sector apenas assegura a guardaria qualificada dos Núcleos Museológicos e das Igrejas da Graça e de Marvila.